O perian funciona só com o quicktime mesmo. Eu uso um método diferente do toast para autorar DVD. Ou eu uso o iDVD (demora um século, mas fica profissa, ou então uso o VisualHub pra gerar o VIDEO_TS
Antes de qualquer autoração eu insiro a legenda no vídeo. Usando a dupla quicktime+peria é a coisa mais fácil, basta escolher a opção save as a self cont... que ele irá salvar em .mov já com a leganda imbutida.